TÉCNICA DE PCR PARA DETECCIÓN DE PATÓGENOS ENTÉRICOS

Evaluación de dos métodos de extracción de ADN para la detección basada en PCR de patógenos entéricos eucariotas en muestras fecales. BMC Res Notes. 2018; 11:206. Menu E, Mary C, Toga I, Raoult D, Ranque S, Bittar F

Objetivo: Los métodos de extracción y purificación de ADN eficientes y fáciles de usar son fundamentales para implementar el diagnóstico de patógenos basado en PCR. Con el fin de optimizar el diagnóstico de laboratorio clínico de rutina de patógenos entéricos eucarióticos, comparamos, a través de los valores umbral cuantitativos de ciclo de PCR (Ct), la eficacia de dos kits de extracción de ADN: el EZ1® semiautomático (Qiagen) y el ADN QIAamp® manual Stool Mini Kit (Qiagen), sobre seis protozoos: Blastocystis spp., Cryptosporidium parvum / hominis, Cyclospora cayetanensis, Dientamoeba fragilis, Giardia intestinalis y Cystoisospora belli y uno microsporidios: Enterocytozoon bieneusi.


Resultados: Considerando que EZ1® (Qiagen) y QIAamp® DNA Stool Mini Kit (Qiagen) produjeron rendimientos similares para la detección de Cryptosporidium spp. y D. fragilis, valores significativamente menores de Ct (p <0.002) señalaron un mejor rendimiento de EZ1® en los cinco patógenos restantes. La extracción de ADN con el procedimiento EZ1® semiautomático fue más rápido y eficiente que el procedimiento manual en los siete patógenos entéricos eucariotas probados. Este procedimiento es adecuado para la extracción de ADN de heces, tanto en el diagnóstico de laboratorio clínico como en el estudio epidemiológico.


Bibliografía


INGLÉS

1: Stark D, Roberts T, Ellis JT, Marriott D, Harkness J. Evaluation of the EasyScreen™ enteric parasite detection kit for the detection of Blastocystis spp., Cryptosporidium spp., Dientamoeba fragilis, Entamoeba complex, and Giardia intestinalis from clinical stool samples. Diagn Microbiol Infect Dis. 2014;78(2):149-52.


2: Shields JM, Joo J, Kim R, Murphy HR. Assessment of three commercial DNA extraction kits and a laboratory-developed method for detecting Cryptosporidium and Cyclospora in raspberry wash, basil wash and pesto. J Microbiol Methods. 2013;92(1):51-8.


3: Laude A, Valot S, Desoubeaux G, Argy N, Nourrisson C, Pomares C, Machouart M, Le Govic Y, Dalle F, Botterel F, Bourgeois N, Cateau E, Leterrier M, Le Pape P, Morio F. Is real-time PCR-based diagnosis similar in performance to routine parasitological examination for the identification of Giardia intestinalis, Cryptosporidium parvum/Cryptosporidium hominis and Entamoeba histolytica from stool samples? Evaluation of a new commercial multiplex PCR assay and literature review. Clin Microbiol Infect. 2016 ;22(2):190.e1-190.e8.


4: Khelaifia S, Ramonet PY, Bedotto Buffet M, Drancourt M. A semi-automated protocol for Archaea DNA extraction from stools. BMC Res Notes. 2013;6:186.


5: Mirsepasi H, Persson S, Struve C, Andersen LO, Petersen AM, Krogfelt KA. Microbial diversity in fecal samples depends on DNA extraction method: easyMag DNA extraction compared to QIAamp DNA stool mini kit extraction. BMC Res Notes. 2014;7:50.


ESPAÑOL

1: Pérez-Cordón Gregorio, Rosales-Lombardo M. José, Sánchez-Moreno Manuel. Procesamiento de muestras fecales en el estudio de Cryptosporidium sp. mediante PCR. Rev. Peru biol. 2005; 12(1): 158-60.


2: Bolivar AM, Rojas A, Garcia-Lugo P. PCR y PCR-Múltiple: parámetros críticos y protocolo de estandarización. Avan Biomed. 2014; 3(1): 25-33.


3: Molina NB, Polverino D, Minvielle MC, Apezteguía M, Aguilar M, Basualdo JA. Comparación de métodos de lisis y extracción de ADN de trofozoítos de Giardia lamblia. Parasitol Latinoam. 2006; 61: 133 – 7.


Agudice su ingenio


Actividad Interactiva
Lo invitamos a observar el siguiente gráfico y luego completar la actividad propuesta


Gráficos de puntos de valores de Ct (umbral de ciclo) de muestras positivas para PCR para los siete patógenos entéricos eucariotas estudiados: Blastocystis spp. (n = 9), Cryptosporidium parvum / hominis (n = 8), Cyclospora cayetanensis (n = 10), Dientamoeba fragilis (n = 9), Giardia intestinalis (n = 8), Cystoisospora belli (n = 10) y Enterocytozoon bieneusi (n = 7) obtenidos con los dos procedimientos de extracción evaluados en el presente estudio. Los valores medios y los rangos de desviación estándar para cada patógeno están representados por barras horizontales grandes y cortas, respectivamente.

Según lo observado en los gráficos, indique el nivel de significancia estadística entre los resultados de los Cts (umbral de ciclo) comparados entre ambos kits comerciales.



Le informamos que se le obsequiará un CD con material bibliográfico a elección de un listado que tenemos disponible, a los primeros que nos hagan llegar su respuesta correcta al correo electrónico bibliote@fbpba.org.ar.


Agradecemos por este medio a los profesionales que han participado y respondido las actividades publicadas en ediciones anteriores.


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