Nuevas variantes SARS-CoV 2


A continuación se presentan dos trabajos publicados en agosto que abordan la temática de las nuevas variantes del coronavirus


1- Covid-19: Situación de nuevas variantes SARS-CoV-2 en Argentina. Informe técnico del Ministerio de Salud de la Nación. Agosto 2021.


Variantes de SARS-CoV-2


En relación a nuevas variantes, los virus, entre ellos el SARS- CoV-2, cambian continuamente a través de mutaciones. Una variante tiene una o más mutaciones que la diferencian de otras variantes del virus en circulación. Estas mutaciones pueden presentarse en sitios determinantes para la infectividad y respuesta inmune de los hospedadores.


En este contexto surgen algunas variantes que son consideradas de interés, debido a la posibilidad de presentar diferencias en la transmisibilidad, prevalencia, severidad y el reconocimiento de anticuerpos.


Las mutaciones y variantes de SARS-CoV-2 se monitorean a nivel mundial y en nuestro país, a través de la secuenciación del genoma viral.


Se recomienda el uso de las siguientes categorías para hablar de variantes de SARS-CoV-2:


Variante de interés ó Variant of Interest (VOI), Variante prioritarias ó Variant of Concern (VOC) y Variantes bajo Monitoreo.


Variantes de interés (VOI): fenotípicamente se comporta diferente a una referencia o su genoma presenta mutaciones que llevan a cambios de aminoácidos asociados a cambios fenotípicos establecidos.


Variante prioritaria (VOC): una variante de interés (VOI) es también una variante prioritaria si a través de diferentes estrategias de análisis se demuestra que:
• está asociada a con un aumento de transmisibilidad o empeoramiento de la situación epidemiológica en la región;
• está asociada a un aumento de virulencia o cambio en la presentación clínica;
• está asociada a una disminución en la efectividad de las medidas de control, los test diagnósticos, las vacunas o los tratamientos.


Variantes bajo monitoreo: Es una variante con cambios genéticos que se sospecha que afectan las características del virus con algún indicio de que puede suponer un riesgo futuro, pero la evidencia del impacto fenotípico o epidemiológico no está clara actualmente, lo que requiere fortalecer el seguimiento y una reevaluación continua a la espera de nueva evidencia.


Situación actual nuevas variantes Sars-CoV-2


A la fecha hay 4 variantes clasificadas como prioritarias (VOC). A partir del 31 Mayo con una nueva nomenclatura global definida por la OMS:
• Gamma: VOC 20J/501Y.V3 (linaje P.1, originalmente detectada en Manaos)
• Alpha: VOC 20I/501.V1 (linaje B.1.1.7, originalmente detectada en Reino Unido)
• Beta: VOC 20H/501Y.V2 (linaje B.1.351, originalmente detectada en Sudáfrica)
• Delta: VOC 21A/478K.V1 (linaje B.1.617.2, originalmente detectada en India). A la fecha hay 4 variantes clasificadas como de interés (VOI):
• Eta: B.1.525
• Iota: B.1.526 con E484K o S477N
• Kappa: B.1.617.1
• Lambda (C.37).


Contenido del informe:
1. Situación actual nuevas variantes SARS-CoV-2
2. Informe vigilancia genómica de Sars-CoV-2 en Argentina
3. Vigilancia genómica de SARS CoV-2 en viajeros internacionales y casos relacionados a la importación
4. Vigilancia genómica de SARS CoV-2 en personas sin antecedentes de viaje notificadas al snvs.2.0
5. Características demográficas y clínicas de los casos secuenciados y registrados al evento Vigilancia Genómica del SNVS2.0 para el total país
6. Distribución de variantes prioritarias y no prioritarias en casos secuenciados según gravedad
7. Investigación de variantes prioritarias y no prioritarias en casos con antecedente de vacunación para SARS-CoV-2
8. Situación de variante Delta en Argentina.


2- Método de detección rápida para la detección de variantes preocupantes del SARS-CoV-2.


David S Y Ong, Johannes G M Koeleman, Norbert Vaessen, Simone Breijer, Sunita Paltansing, Peter de Man. J Clin Virol. Agosto de 2021; 141: 104903. doi: 10.1016 / j.jcv.2021.104903.


Resumen


Antecedentes: la monitorización completa y actualizada de las variantes preocupantes (COV) del síndrome respiratorio agudo severo del coronavirus 2 (SARS-CoV-2) es crucial, ya que se caracterizan por su mayor transmisibilidad, evasión inmunitaria y virulencia.


Objetivos: Describir la implementación a gran escala de un ensayo de variantes múltiples de la reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-PCR) con análisis de la curva de fusión como procedimiento de rutina.


Diseño del estudio: Realizamos de forma prospectiva múltiples variantes de RT-PCR en muestras consecutivas positivas para RT-PCR de SARS-CoV-2 de pacientes, trabajadores de la salud y residentes de hogares de ancianos de la zona de captación de nuestro hospital. Esta técnica se implementó en nuestro sistema Roche FLOW automatizado con un tiempo de respuesta de 6 horas.


Resultados: Entre el 1 de febrero y el 2 de mayo de 2021, se analizaron 989 muestras mediante la variante RT-PCR. Nuestro método se validó mediante la comparación de la variante de RT-PCR con las pruebas de secuenciación del genoma completo. Observamos un aumento con el tiempo en la proporción de la variante del Reino Unido que se convirtió en la variante dominante, y la aparición simultánea de las variantes sudafricana y brasileña. Las respuestas de salud pública rápidas para el control de infecciones fueron posibles gracias a este método de detección rápida, lo que resultó en la detección temprana y la reducción de la propagación inadvertida de COV lo antes posible.


Conclusión: Una variante de RT-PCR con análisis de curvas de fusión adicionales es una estrategia de detección factible, rápida y eficiente que se puede implementar en los laboratorios microbiológicos de rutina.


Bibliografía


En ingles


1: La Rosa G, Mancini P, Bonanno Ferraro G, Veneri C, Iaconelli M, Lucentini L, Bonadonna L, Brusaferro S, Brandtner D, Fasanella A, Pace L, Parisi A, Galante D, Suffredini E. Rapid screening for SARS-CoV-2 variants of concern in clinical and environmental samples using nested RT-PCR assays targeting key mutations of the spike protein. Water Res. 2021 Jun 1; 197:117104.


2: Zelyas N, Pabbaraju K, Croxen MA, Lynch T, Buss E, Murphy SA, Shokoples S, Wong A, Kanji JN, Tipples G. Precision Response to the Rise of the SARS-CoV-2 B.1.1.7 Variant of Concern by Combining Novel PCR Assays and Genome Sequencing for Rapid Variant Detection and Surveillance. Microbiol Spectr. 2021 Sep 3; 9(1):e0031521. doi: 10.1128/Spectrum.00315-21.


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En español


1: Organización Mundial de la Salud (OMS). Orientaciones para la vigilancia de las variantes del SARS-CoV-2, Orientaciones provisionales. OMS. 9 de agosto de 2021.


2: Organización Mundial de la Salud (OMS). Secuenciación del genoma del SARS-CoV-2 confines de salud pública: Orientaciones provisionales. OMS. 8 de enero de 2021.


3. Centro Nacional de Vacunación y Enfermedades Respiratorias (NCIRD), División de Enfermedades Virales (CDC). Guía interina para la realización de pruebas de detección del SARS-CoV-2 en lugares de trabajo que no prestan servicios de salud. CDC. 7 de oct. de 2021.


4. Cilla Eguiluz G, Navarro Mari JM, Galán Montemayor JC, Folgueira López MD, Pumarola Suñé T. Diagnóstico microbiológico de la infección por SARS-CoV-2. 2021. 73. Tomás Pumarola (coordinador). Procedimientos en Microbiología Clínica. Cercenado Mansilla E, Cantón Moreno R (editores). Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica (SEIMC). 2021

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