Incipiente circulación comunitaria de Delta en países de la región


Ante un eventual dominio de esta variante de Sars CoV-2, especialistas en genómica consideran imprescindible el avance inmediato de los procesos de inmunización de la población y la implementación de políticas de salud integrales orientadas al manejo eficiente de la pandemia manteniendo los protocolos de testeo y aislamiento para evitar mayores ingresos de la variante Delta u otras a nuestro país.


Según el último reporte Nº 27 del pasado 24 de septiembre del PROYECTO ARGENTINO INTERINSTITUCIONAL DE GENÓMICA –PAIS– DE SARS-COV-2, en los últimos meses, la variante de preocupación (VOC) Delta se ha propagado a múltiples países, causando nuevas olas de infecciones en todo el mundo. Si bien Latinoamérica es la región de menor prevalencia de Delta hasta el momento, esta variante se ha detectado en todos los países de la región y en muchos de ellos con casos de transmisión local. Los últimos datos de países limítrofes indican que Delta es dominante en Brasil y en Chile, y que se ha verificado circulación comunitaria en Uruguay y Paraguay. A nivel general, los últimos reportes de mediados de setiembre -algunos con datos preliminares- indican que la variante Delta se encuentra en “baja circulación” en Uruguay (1), y se asociaría a nuevas infecciones con frecuencia del 11.5% en Paraguay (2), 61% en Chile para la SE36 (3) y 74.5% en Brasil para la SE35 (4). En este último, es importante destacar que la frecuencia en los estados de sudeste del país asciende al 85% para la SE35.


En un reciente estudio, que se encuentra en preimpresión (https://doi.org/10.1590/SciELOPreprints.2886) realizado por Carolina Torres, Humberto Debat y Mariana Viegas de este mismo grupo, se señala que “a nivel internacional la situación actual de variantes refleja el avance sostenido de la VOC Delta, impulsando nuevas olas de infecciones en gran parte del mundo. Por otro lado, América del Sur exhibe un paisaje excepcional de variantes. La emergencia de Gamma en Brasil y Lambda en Perú sin dudas han marcado el particular panorama de variantes actual. A diferencia de lo observado en Europa o América del Norte donde Delta ha remplazado a la variante dominante Alpha, la segunda ola de COVID-19 en nuestra región ha estado impulsada principalmente por la variante Gamma, dominante en Brasil, Argentina, Chile, Paraguay y Uruguay, entre otros países. Así mismo Lambda, predominante en Perú, se ha extendido en la región de América del Sur llegando a representar al menos el 15-20% de los casos en Argentina y Chile. En este contexto, y en un período de transición a nivel epidemiológico, la región empieza a afrontar el ingreso de Delta en un equilibrio dinámico de tensión entre la evolución viral, la inmunidad adquirida de la población asociada a la segunda ola, y la asimetría en las campañas de vacunación y en las políticas sanitarias regionales.


Independientemente de la incertidumbre asociada a la proyección de escenarios de variantes, la incipiente circulación comunitaria de Delta en diversos países de la región, y los últimos reportes de vigilancia que indican un rápido aumento de frecuencia y desplazamiento de otras variantes principalmente en Brasil, como así también en Chile, empiezan a trazar un escenario de un eventual dominio de Delta en América del Sur. Frente a este probable horizonte, teniendo en cuenta las propiedades biológicas distintivas de la variante Delta como su alta transmisibilidad, su asociación con aumento de probabilidades de hospitalización y con procesos de evasión/escape inmune, se hace imprescindible el avance inmediato de los procesos de inmunización de la población y de la implementación de políticas de salud integrales orientadas al manejo eficiente de la pandemia para disminuir el impacto sanitario, social y económico de la tercera ola en la región”.


Análisis genómico de casos de variante Delta en la Argentina.


Reporte N°27: Vigilancia activa de variantes de SARS-CoV-2 en la CABA, provincias de Buenos Aires, Chaco, Entre Ríos, Córdoba, Neuquén y Santa Fe.vActualización al 24/09/2021.


Resumen


Con el objetivo de estudiar las variantes circulantes del virus SARS-CoV-2 en el período comprendido entre el 21/05/21 y el 13/09/21, se analizaron un total de 1318 muestras. De las cuales, 528 correspondieron a casos de la CABA, Gran Buenos Aires y alrededores y Gran La Plata, 200 de provincia de Buenos Aires (no AMBA), 21 de provincia de Chaco, 26 de Entre Ríos, 117 de Neuquén, 15 de Córdoba y 309 de Santa Fe. Todas estas muestras estudiadas corresponden a individuos sin antecedente de viaje al exterior o contacto estrecho con viajeros. Además, de las 1318 muestras, 48 correspondieron a casos especiales (nexo con viajero, estudio de brotes, y confirmación de casos detectados por la técnica de PCR en tiempo real específica para variantes).


En 134 casos se realizó la secuenciación completa del genoma del SARS-CoV-2. En total, se identificó la variante Alpha (linaje B.1.1.7, Reino Unido) en 54 casos. La variante Gamma (linaje P.1, Manaos) en un total de 879 casos, de los cuales 853 corresponden a casos de circulación comunitaria. La variante Lambda (linaje C.37, Andina) en 323 casos, de éstos, 294 corresponden a circulación comunitaria. Se identificó la variante Delta (linaje B.1.617.2, India) en un total de 55 casos, de los cuales 15 corresponden a casos sin nexo epidemiológico conocido. Se identificó la variante Mu (linaje B.1.621, Colombia) en dos casos, ambos sin nexo epidemiológico conocido.


Además, se realizó un muestreo dirigido a la población de personal de salud vacunada de la CABA y GBA (n=48) donde se detectaron 23 casos de la variante Gamma y 24 casos de la variante Lambda. En este reporte, se encontró que la frecuencia de detección de la variante Delta alcanzó el 9,7% (en el GBA) y el 13,5% (en la CABA) en las últimas semanas epidemiológicas analizadas (principios de septiembre). Estos resultados están en consonancia con la situación epidemiológica regional, hasta el momento caracterizada por un incremento de la frecuencia de detección de la variante Delta en simultáneo con el reporte de un número de casos estable o a la baja, tanto en Argentina como en otros países de la región.


Por otro lado, se estudiaron brotes de casos de Delta provenientes de la provincia de Córdoba y de la CABA. Mediante análisis genómicos y evolutivos se determinó que los casos de variante Delta en la provincia de Córdoba pertenecen a la misma cadena de transmisión a pesar de que no se encontró nexo en algunos casos por investigación epidemiológica, lo que indica que los brotes estarían conectados por casos asintomáticos y circulación viral críptica. En forma similar, el brote de la CABA -vinculado con una institución- se asoció con un caso previo sin nexo epidemiológico con el brote ni con viajes internacionales, lo que sugiere una cadena de transmisión común dentro de la CABA establecida al menos, desde principios de agosto.


A la fecha, sobre un total de 4405 muestras analizadas a través de la vigilancia activa por secuenciación de Spike o de genoma completo, las variantes más frecuentemente detectadas en nuestro país fueron la Gamma (linaje P.1, Manaos) en 1865 casos, seguida de la Lambda (linaje C.37, Andina) en 984 casos, la variante Alpha en 306 casos, la variante Delta en 55 casos y la variante Mu en tres casos. Asimismo, se detectaron 190 casos con otras mutaciones de interés: 144 presentaron exclusivamente la mutación S_E484K, 33 presentaron la mutación S_L452R, y 13 muestras presentaron combinación de otras mutaciones. Todas ellas sin estar asociadas a la constelación de mutaciones de alguna VOC. Finalmente, en un total de 1002 casos se detectaron variantes sin mutaciones de interés asociadas a VOI/VOC.


Conclusiones


La segunda ola de la COVID-19 en Argentina ha estado impulsada principalmente por las variantes Gamma y Lambda. De acuerdo con los resultados presentados en este reporte, ambas variantes se asociaron en el último período con la mayoría de las nuevas infecciones en la CABA y en las provincias de Buenos Aires, Santa Fe, Córdoba, Chaco, Entre Ríos y Neuquén.


En nuestro país, la variante Delta ha sido detectada en casos sin nexo epidemiológico con viajes internacionales en regiones puntuales, en forma esporádica, durante julio y agosto. En este reporte, se encontró que la frecuencia de detección de esta variante alcanzó el 9,7% (GBA) y 13,5% (CABA) en las últimas semanas analizadas (principios de septiembre). Además, se detectó la presencia de la variante Mu en dos casos. Estos resultados están en consonancia con la situación epidemiológica regional, hasta el momento caracterizada por un incremento de la frecuencia de detección de la variante Delta en simultáneo con el reporte de un número de casos estable o a la baja, tanto en Argentina como en otros países de la región.


Por otro lado, mediante análisis genómicos y evolutivos se determinó que los casos de variante Delta en la provincia de Córdoba pertenecen a la misma cadena de transmisión a pesar de que no se encontró nexo en algunos casos por investigación epidemiológica, lo que indica que los brotes estarían conectados por casos asintomáticos y circulación viral críptica.


En forma similar, el brote de una institución educativa de la CABA se asoció con un caso previo sin nexo epidemiológico con el brote ni con viajes internacionales, lo que sugiere una cadena de transmisión común dentro de la CABA establecida al menos, desde principios de agosto.


Esto demuestra la importancia de complementar los estudios epidemiológicos clásicos con los estudios epidemiológicos moleculares, lo que posibilita el abordaje completo de los brotes y eventos relevantes, y permite brindar información útil para optimizar las estrategias de lucha frente a la COVID-19.


En un contexto de apertura inminente de los ingresos internacionales de países limítrofes se debe enfatizar la importancia de mantener los protocolos de testeo y aislamiento para evitar mayores introducciones de la variante Delta u otras variantes a nuestro país.


Hasta el momento, la vigilancia activa de las variantes de SARS-CoV-2 realizada sobre un total de 4405 muestras de la CABA, provincia de Buenos Aires, Chaco, Córdoba, Neuquén, La Pampa, Santa Fe, Río Negro, Mendoza, San Luis y Entre Ríos (Reportes N°9 a 27) obtenidas entre el 26/10/2020 al 13/09/2021 permitió determinar la presencia de ocho variantes de interés epidemiológico en nuestro país: la variante Alpha (linaje B.1.1.7, Reino Unido), la variante Gamma (linaje P.1, Manaos), la variante Lambda (linaje C.37, Andina), la variante Mu (linaje B.1.621, Colombia), la variante Delta (linaje B.1.617.2, India), la variante Zeta (linaje P.2, Río de Janeiro), la variante Epsilon (linajes B.1.427 y B.1.429, California) y la variante Iota (linajes B.1.526, Nueva York).


Fuente: Proyecto Argentino Interinstitucional de Genómica de Sars-Cov-2


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